Urodzony w Rykowie koło Lwowa, żołnierz Szarych Szeregów, Związku Walki Zbrojnej Armii Krajowej (ps. „Kukułka”) w milanowskim ośrodku „Mielizna” obwodu „Bażant”, kapral AK, obecnie kpt. rezerwy.
W Milanówku zamieszkał w 1937 r., gdzie wstąpił w szeregi 148 Milanowskiej Drużyny Harcerskiej. Od pierwszego dnia wojny wraz z innymi harcerzami pełnił służbę jako łącznik przydzielony do obrony przeciwlotniczej w gminie Milanówek, aż do chwili wkroczenia Niemców do Milanówka. Pod koniec października 1939 r. wraz z innymi harcerzami przeszedł do konspiracji. Po przeszkoleniu wojskowym w sierpniu 1940 r. został wcielony do 32 plutonu ZWZ ośrodka ,,Mielizna”, a w drugiej połowie 1943 r. skierowany do oddziału specjalnego 32 plutonu pod komendą porucznika Stefana Hellera ps. ,,Sokólicz”. W kwietniu 1944 r. ukończył Szkołę Podoficerską uzyskując stopień kaprala. W utworzonej drużynie składającej się z harcerzy pochodzących z Szarych Szeregów pełnił obowiązki dowódcy. Podczas służby w szeregach ZWZ AK brał udział w akcjach ubezpieczania komend, obiektów cywilnych i wojskowych, nasłuchów radiowych, radiostacji nadawczo-odbiorczych, ubezpieczania zrzutów broni, przerzutów broni, zdobywania broni w akcjach dywersyjno-sabotażowych i jej przechowywania. Po rozwiązaniu AK w Milanówku (19.01.1945 r.), po zdaniu broni „Mielizny”, został aresztowany, ale wkrótce uwolniono go.
W 1946 r. zdał maturę w Liceum Ogólnokształcącym w Milanówku i następnie rozpoczął studia w Szkole Głównej Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie, na Wydziale Technologii Drewna, które ukończył w 1952 r.
Przez kilka kadencji pełnił funkcję członka Zarządu Środowiska. Wykazał dużą aktywność na stanowiskach sekretarza, przewodniczącego komisji ds. ewidencji, awansów i odznaczeń. Pełnił funkcję chorążego, a potem dowódcy pocztu sztandarowego. Wraz z Feliksem Dzierżanowskim i Mieczysławem Fastynem i Andrzejem Szolcem zajął się sprawą uczczenia pamięci ministra Adama Bienia. Jan Kubek i koledzy z Grupy Inicjatywnej AK ( Feliks Dzierżanowski, Mieczysław Fastyn) zajęli się również upamiętnieniem działalności Wacława Wdowiaka, żołnierza AK i działacza Szarych Szeregów. Te same osoby oraz Zofia Szałowska ufundowały umieszczoną na budynku szkoły podstawowej nr 2 tablicę upamiętniająca działalność Wacława Wdowiaka.
Z inicjatywy Jana Kubka, Feliksa Dzierżanowskiego i Mieczysława Fastyna szkole podstawowej nr 2 w 2000 r. nadano imię Armii Krajowej a w 2002 odbyła się uroczystość poświęcenia Tablicy Pamiątkowej Pamięci Żołnierzy Polskiego Państwa Podziemnego walczących na terenie Milanówka w latach 1939–1945. W wyniku kolejnej inicjatywy Jana Kubka jednej z ulic nadano imię por. Stefana Hellera ps. .Sokólicz” – ostatniego komendanta Ośrodka ,,Mielizna”. Dzięki staraniom Jan Kubka sztandar Ośrodka ,,Mielizna” został wpisany do rejestru w grupie sztandarów wojskowych pod numerem Sz /W/126/98. Od 2000 roku na prośbę Okręgu ŚZŹAK w Warszawie do chwili obecnej Jan Kubek zajmuje się zbieraniem informacji o żołnierzach AK Środowiska ,,Mielizna” i żołnierzach innych środowisk pochowanych na cmentarzu w Milanówku.
Jan Kubek został uhonorowany: Krzyżem AK, Krzyżem Partyzanckim, Medalem Wojska, Odznaką za Udział w Akcji ,,Burza”, Odznaką Weterana Walk o Niepodległość. Ponadto przyznano mu dyplom uznania za zasługi dla Światowego Związku Żołnierzy AK (30.03.1998), Złotą Odznakę Zasługi ŚZŻAK (27.09.2006), dyplomem medalu ,,PRO MEMORIA” (03.06.2008). W 1995 r. został awansowany do stopnia podporucznika, w 1999 r. do stopnia porucznika, a w 2009 r. do stopnia kapitana.
Tytuł Honorowego Obywatela Miasta Milanówka został nadany 27 maja 2010 r. podczas Uroczystej Sesji Rady Miasta Milanówka.
